六榕寺是廣州市一座歷史悠久、海內外聞名的古剎,與光孝、華林、海幢寺并稱廣州佛教四大叢林。六榕寺和寺中的花塔一樣，歷來為人們所稱頌，加之歷史地位與光孝寺齊名素有“光孝以樹傳，凈慧（六榕寺的別稱）以塔顯”之稱。
六榕寺寺因蘇東坡當年為寺廟題字而得名,始建于梁大同三年（537年），后北宋初毀于火災，宋端拱二年（989年）重建，改名為凈慧寺。后蘇東坡來寺游覽，見寺內有老榕六株，欣然題書“六榕”二字，后人遂稱為“六榕寺”。
◎公元420一479年（南朝宋代）建寺，名為“廣州寶莊嚴寺”。
◎公元537年(梁大同三年)，沙門曇裕法師從扶南（柬埔寨）請得佛陀舍利回廣州，得到梁武帝詔許后，于寶莊嚴寺大殿前修建舍利塔。此佛塔為一座四角形的六層木塔，下瘞佛舍利，木塔內外繪畫著佛典圖解，稱“敕賜寶莊嚴寺舍利塔”。
◎公元650年（唐永徽元年），歷經一百余年的風雨侵蝕，寺塔梁柱已出現破損。某日，舍利塔祥光涌現，震驚羊城百姓，信眾蜂擁來觀。時廣、韶都督李燧，邀集朝散大夫廣州太守史某、明威將軍行番禺知府折沖都尉李公等，專門到寺拜竭寶輪和尚，共商募修舍利塔事宜。經過精心組織施工，舍利塔修葺一新，再現巍峨雄姿。
◎公元675年（唐高宗上元二年）春，王勃離開家鄉絳州龍門(今山西河津)，南赴交趾(今越南)探父(其父王福疇任交趾令已多年)，于十一月到達廣州。適逢寶莊嚴寺開設法會，因受寺僧托請，寫下三千余字碑記《廣州寶莊嚴寺舍利塔碑》。
◎公元917年，南海王劉龔稱帝，國號大越，定都廣州，次年改國號漢(史稱南漢)，年號乾亨，升廣州為興王府。南漢歷代君主虔信佛教，寶莊嚴寺易名長壽寺，作為劉氏宗室女修道之所，塔仍稱舍利塔，每于上元、中秋佳節登塔燃燭懸燈(號曰“賽月燈”)以兆豐年。
◎公元971年(宋開寶四年)，南漢滅亡，長壽寺及舍利塔均毀于大火，從此湮沒一百多年。
◎公元988（北宋端拱元年）重修該寺，并以曹溪六祖真身為原型鑄銅像供奉，寺于端拱二年重修竣工，遂改名為“凈慧寺”。當時寺內有古榕六棵，民間已有“六榕寺”之稱，但當時只是“俗稱而已、非寺名也”。
◎公元1086年(宋元佑元年)，凈慧寺住持德超和尚發心募資重建舍利塔。與前任鳳翔郡寶雞縣主簿官、南海
人林修居士、本郡信士王衢等，共商重修舍利塔一事。他們依碑記“方井圓泉、參差倒景”的記載和民間所傳“環列古井九”之說，尋得舊塔基址重建寶塔，當時發掘出梁代建塔所藏的佛舍利，仍舊瘞藏。紹圣四年(公元1097年)六月三日，寶塔落成，寺僧又邀請常到寺禮佛的宋皇叔、康州（今廣東德慶）刺史趙叔盎撰書《重修廣州凈慧寺塔記》。新塔改用磚木結，八角形，外觀九層，內有暗層，實為十七層，各層內外墻壁設置佛龕供奉賢劫千佛像，故稱“千佛塔”。
◎公元1100年（北宋元符三年），大文豪蘇東坡由海南貶所北歸，路經廣州到該寺游玩時，應寺僧道琮之請為寺題字，他見寺內六株榕樹綠蔭如蓋，盤根錯節，氣勢不凡，即欣然書下“六榕”二字。
◎公元1358年（元至正十八年），重修舍利塔，并鑄9.14米高的千佛銅柱，柱身刻有1023尊佛像及祥云天宮寶塔圖，連同塔頂的火焰寶珠、三層九霄寶盤、九層寶輪、一層雙龍寶盤、八根鐵鏈組成重達5噸的塔剎。
◎公元1373年（明洪武六年），寺院一半面積被辟為永豐倉，自此之后山門便改為向東，而寺院面積也日漸縮小，而六株古榕，也因寺院被割而處于寺外（原來的凈慧寺規模相當宏大，占地甚廣，山門朝南，“橫直綿亙實逾二里”）。
◎公元1375年（明洪武八年），寺僧愈堅和尚等重修于元末明初期間被損塔殿，并在塔東辟建覺皇殿（此后六百年都以此殿為大殿，但該殿于“文革”時期被毀）。
◎公元1395年（洪武二十八年）凈慧寺一度歸并于西禪寺，六祖銅像也于其后被遷往西禪寺。
◎公元1411年（明永樂九年），凈慧寺重修，寺僧將蘇東坡遺墨“六榕”二字，刻造一木匾懸掛于寺門之上，自此，凈慧寺又稱六榕寺，舍利塔稱六榕塔。此后經明正統、嘉靖、萬歷、天啟及清乾隆年間均有重修（六榕塔自清初重修之后，該塔“檐壁榱題，紅綠白黃，互相輝映，旭升日落，觀美如花”故又稱為“花塔”）。
◎公元1856年(清咸豐六年)，受臺風侵襲，塔頂墜于地。
◎公元1874年(同治十三年)，清皇室從海防經費中撥出巨款大加修繕。
◎公元1875年(清光緒元年)，繼咸同年間修建殿宇之后，重修千佛塔并已竣工，并撰《重修六榕寺佛塔記》。
◎公元1900年(光緒二十六年)，清廷詔封六榕寺住持鐵禪為廣東僧綱司。
◎公元1912年（民國元年），國民政府廢除僧官制度成立廣東省佛教會（會址六榕寺），鐵禪被推為會長。同年5月，孫中山先生辭去臨時大總統職位回到廣州，鐵禪組織廣東佛教界人士在六榕寺舉行隆重的歡迎大會，支持國民革命，孫中山先生題書“自由平等博愛”貽贈六榕寺。
◎公元1913年（民國二年），鐵禪和尚率四眾弟子迎回僑龕西禪寺達數百年之久的六祖惠能銅像，并修建六祖堂以供奉。又補植榕樹四株（六株古榕時存二株：一在東坡精舍后、福泉新街后側；一在寺東舊平南王府。）、建補榕亭、筑東坡精舍、樹立“曹溪法乳”牌坊，收歸散置在外的太湖奇石“朵云”等。
◎公元1915年（民國四年），廣州地震，塔內壁與千佛銅柱之間被震裂。（1915-1935年，廣州一共錄得7次地震，其中比較劇烈的是1915年與1918年發生的兩次。）
◎1921年（民國十年），市政府在六榕寺東開辟花塔街（今六榕路），又割寺東建造凈慧公園，寺院面積再度縮小。
◎1931年重修花塔，在內部用鋼筋水泥以加固。
◎1935年（民國24年）4月，舉行花塔重修落成典禮，梁致廣居士撰《重修六榕寺花塔記》。
◎1938年(民國27年)10月，日本侵略軍侵占廣州，鐵禪避難于番禺、佛山等地。
◎1939年(民國28年)6月，日偽政權派人強行將鐵禪接回六榕寺，并委以偽政權之佛協會長。
◎1946年(民國35年)，抗戰結束后，鐵禪欲告老還鄉，致函延請乳源云門寺住持虛云接管六榕寺。其后，鐵禪因漢奸罪被判處有期徒刑8年。同年秋季，為紀念抗日勝利一周年，舉行超薦抗日陣亡將士法會。八月中旬，虛云與弟子寬鑒等來到廣州接管六榕寺，并向國民政府呈文保釋鐵禪。國民政府最高法院湘粵分庭改判為4年徒刑，9月27日，鐵禪病死于獄中（1939年，日偽政權派人強行將鐵禪接回六榕寺，并委以偽政權之佛協會長，使其最終蒙冤而逝，為世人所不解）。
◎1946年(民國35年)9月17日，虛云奉玄奘頂骨舍利，于六榕寺設七天七夜的水陸道場法會，以超薦抗日陣亡將士。時蓬六榕寺北堂桃樹開花，胡毅生（胡漢民之弟）寫下《緋桃瑞應記》一文。
◎1948年，寬鑒盜取六榕所有重要財產和文物逃往香港，其中有寺內四件珍貴文物：（1）遼代紫銅精鑄的藥師佛像；（2）玄奘法師頂骨；（3）淡歸詩卷；（4）漢玉等，稱為“凈慧寺鎮山四寶”。虛云和尚發覺后馬上追還，并免去寬鑒方丈職務，由明觀法師繼任住持職務，解放前夕明觀法師去香港。
◎1966年“文革”時，六榕寺除六祖銅像外，全部佛像被毀，寺院也全被占作倉庫。
◎1979年3月，中共廣州市委批準六榕寺恢復為宗教活動場所。
◎1983年，在塔之西重建大雄寶殿，供奉清康熙二年(公元1663年)以黃銅精鑄的三尊大佛像。