廈門市博物館于1983年籌建，1988年正式對外開放，舊館原址位于舉世聞名的風景名勝區——鼓浪嶼上的八卦樓。隨著廈門經濟和各項事業的快速發展，作為洋樓民居的八卦樓無論在建筑的規模，還是在結構和功能等方面都不能滿足博物館保護、展示文化遺產以及事業發展的需要，2004～2006年廈門市政府利用廈門工程機械廠舊廠房，改建為廈門市文化藝術中心。廈門市博物館的新館就位于它的東北部，建筑面積25300平方米，展廳面積9597平方米，庫房面積2800平方米。新館較之舊館，建筑面積擴大6倍。2006年6月，經中共廈門市委機構編制委員會批準，將廈門市鄭成功紀念館、廈門市文化遺產保護中心并入廈門市博物館，如今的廈門市博物館由廈門博物館主館、鄭成功紀念館、廈門經濟特區紀念館、廈門市文化遺產保護中心、思明破獄斗爭陳列館、陳化成紀念館、陳勝元故居七個部分組成。為全民所有制事業單位，隸屬廈門市文化局管理，核定人員編制64人，目前有博士學歷的1人，碩士學歷的5人，研究館員9人，副研究館員6人�，F任館長兼書記張仲淳、副館長曾瑩、靳維柏（兼廈門文保中心主任）。
　　廈門市博物館現有“廈門歷史陳列”、“閩臺古石雕大觀園”、“閩臺民俗陳列”等基本陳列展對外開放，其中后者的前身——舊館的“閩臺民俗展”曾榮獲1998年全國文物陳列十大精品獎。 此外“中國民族民間樂器陳列”、“館藏文物精品陳列”兩個基本陳列也在緊張的籌備和布展中。常年對外開放的基本展覽還有鄭成功紀念館的“鄭成功史跡陳列”、廈門經濟特區紀念館的“輝煌歲月——廈門經濟特區建設歷史陳列”、廈門破獄斗爭舊址的“廈門破獄斗爭陳列”、陳公祠的“陳化成事跡展”、 陳勝元故居的“鴉片戰爭與廈門”歷史展。
 
　　廈門市博物館注重加強館際交流，不定期舉辦各種臨時展覽活動。建館以來舉辦的臨時展覽主要有：廈門特區建設展、友好往來展、館藏玉器展、廈門書畫精品展、廈門體育明星展、鼓浪嶼建筑攝影圖片展、閩南民間古陶瓷展……廈門海堤建設歷史陳列、文物科技保護圖片展、閩臺姓氏族譜和涉臺文物展、走近大師——劉海粟作品展、“紅色記憶”收藏品特展、頂級生活藝術品展 、慶祝中華人民共和國成立60周年——福建文博成就展、“三八”國際勞動婦女節100周年暨女職工周末學校成果展、 書·香·茶·花---兩岸文物精品展 、第二屆世界投資論壇文物精品展、第三次全國文物普查成果圖片展、梁連泉收藏書畫展、北京故宮藏金銀器展、玉石文化博覽會、歷代國寶級書畫高仿真精品大展、 “八閩豐碑”全省革命歷史文物聯展、東風西漸——上海歷史博物館館藏歐洲瓷器展、石刻史書——寧夏巖畫展、廈門市古代藝術品研究會會員藏品展等數十個展覽。此外廈門特區紀念館還舉辦過“廈門市重點建設成就展”、和“鷺江號游艇歷史陳列”等臨時展，該館工作人員還參加和負責過《廈門經濟特區三十周年成就展》的展覽工作。
 
　　廈門市博物館現有館藏文物近20000件，已經鑒定的三級以上文物共3983件，其中以古代的陶瓷、書畫、玉器、石雕和民俗文物以及國際友誼禮品等為主并最有特色。